Laporan Tahunan Universitas Muhammadiyah Yogyakarta disusun berdasarkan Tahun Anggaran berjalan, dimulai pada Bulan September dan berakhir pada Bulan Agustus. Pelaksanaan program setiap tahun anggaran difokuskan pada beberapa aspek, seperti pelaksanaan Caturdharma Perguruan Tinggi dan pengembangan fasilitas.