Masa tugas Rektor UMY periode 2012 – 2016 yang saat ini dijabat oleh Prof. Dr. Bambang Cipto, MA, akan berakhir pada akhir Desember 2016. Untuk menentukan siapakah yang akan menjadi Rektor baru UMY periode 2016 – 2020, diperlukan sebuah persiapan yang matang dalam melakukan proses pemilihannya. Salah satu rangkaian pemilihan rektor UMY tersebut adalah pembentukan panitia penjaringan bakal calon (balon) rektor yang akan melakukan sosialisasi, mengumpulkan berkas usulan balon serta menyampaikan berkas tersebut ke Komisi 4 senat universitas, untuk diverifikasi. Dalam proses selanjutnya, berkas terverifikasi akan diserahkan kepada senat untuk dilakukan fit and proper test dengan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah (PWM) Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY), pada pertengahan September sampai awal Oktober 2016, hasilnya akan dibawa dalam rapat pleno Senat Universitas untuk ditetapkan menjadi balon rektor. Balon rektor definitif pada pertengahan Oktober 2016 yang telah dipilih oleh senat universitas, tahap selanjutnya akan dilakukan pemilihan untuk ditetapkan sebagai calon rektor. Hasil pemilihan senat universitas kemudian diserahkan kepada Pimpinan Pusat (PP) Muhammadiyah melalui Majelis Dikti Litbang PP Muhammadiyah. PP Muhammadiyah akan memilih salah satu calon Rektor untuk ditetapkan sebagai Rektor UMY.
Menurut Ketua Panitia Penjaringan Bakal Calon Rektor UMY Periode Tahun 2016 – 2020, Dr. Trisno Raharjo, S.H., M.Hum, pemilihan Calon Rektor Universitas akan dilaksanakan sesuai tahapan-tahapan yang telah ditetapkan. Tahapan-tahapan tersebut yakni, Senat Universitas membentuk Panitia Penjaringan Bakal Calon Rektor yang bertugas untuk menjaring aspirasi tentang Bakal Calon Rektor dari berbagai sumber yaitu Dosen, Karyawan dan Lembaga Mahasiswa Tingkat Universitas/Fakultas/Prodi yang kemudian hasilnya akan dilaporkan kepada Senat Universitas.
“Penjaringan ini sudah kami mulai sejak Mei dan akan dilakukan sampai bulan Agustus 2016, dengan melakukan sosialisasi ke seluruh civitas akademika UMY dan memberikan mereka kuesioner penjaringan Bakal Calon Rektor. Setelah hasilnya kami dapatkan, hasil penjaringan tersebut akan diserahkan kepada Senat Universitas untuk diranking melalui rapat Senat Universitas dan diurutkan nama Bakal Calon Rektor tersebut berdasarkan huruf abjad. Kemudian, Senat Universitas akan meminta pertimbangan PWM DIY mengenai aspek Al Islam dan Kemuhammadiyahan dari Bakal Calon Rektor. Lalu pada bulan Oktober, nama-nama Calon Rektor oleh Senat diserahkan kepada PP Muhammadiyah melalui Majelis Dikti Litbang PP Muhammadiyah, dan PP Muhammadiyah yang akan memutuskan siapa yang nantinya akan terpilih menjadi Rektor Baru UMY,” jelas Trisno saat ditemui pada Jum’at (12/08).
Trisno juga menyampaikan bahwa untuk melakukan penjaringan Bakal Calon Rektor tersebut, Senat Univeritas telah menetapkan beberapa syarat yang harus dimiliki oleh Bakal Calon Rektor. Syarat-syarat tersebut antara lain: dosen tetap UMY, berpendidikan Strata 3 (S3) dan memiliki jabatan akademik sekurang-kurangnya Lektor Kepala; Memiliki pengalaman sebagai Pejabat Struktural di lingkungan UMY minimal 4 tahun dan masa kerja minimal 10 tahun; Tidak pernah dijatuhi sanksi pidana dan atau sanksi administratif di lingkungan UMY; Tidak sedang menjalani hukuman pidana dan administratif; Taat beribadah dan mengamalkan ajaran Islam; Sehat jasmani dan rohani dan berusia setinggi-tingginya 65 tahun.